Có một số khó khăn trong việc hòa nhập lý thuyết với các dữ liệu quan trắc.

Vấn đề 100 kỷ

Vấn đề 100.000 năm là các biến thiên của độ lệch tâm có ảnh hưởng nhỏ hơn đáng kể tới tác động của Mặt Trời so với tuế sai hay độ xiên và vì thế có lẽ là nó tạo ra các hiệu ứng yếu nhất. Tuy nhiên, các quan sát chỉ ra rằng trong vòng 1 triệu năm gần đây thì các thay đổi lớn nhất của khí hậu là có chu kỳ 100.000 năm. Ngoài ra, mặc dù chu kỳ 100.000 năm là tương đối lớn, một số người vẫn bác bỏ do họ cho rằng độ lớn của các ghi chép về khí hậu chưa đủ lớn để có thể thiết lập quan hệ đáng chú ý xét về mặt thống kê giữa khí hậu và độ lệch tâm.

Vấn đề 400 kỷ

Vấn đề 400.000 năm là các biến thiên của độ lệch tâm có chu kỳ 400.000 năm. Chu kỳ tương tự như vậy đã không được phát hiện trong thay đổi khí hậu. Nếu các biến thiên 100 kỷ là có hiệu ứng mạnh như vậy thì các biến thiên chu kỳ 400 kỷ cũng sẽ phải được phát hiện. Điều này còn được biết đến như là vấn đề giai đoạn 11, sau khi giai đoạn giữa các thời kỳ băng hà trong trạng thái đồng vị đại dương 11 là điều không chờ đợi nếu chu kỳ 400.000 năm có tác động lên khí hậu.

Vấn đề giai đoạn 5

Vấn đề giai đoạn 5 chỉ tới khoảng thời gian của giai đoạn cuối trong khoảng thời gian giữa hai thời kỳ băng hà (trong giai đoạn đồng vị đại dương 5) mà dường như xuất hiện 10 nghìn năm trước khi tác động của Mặt Trời được giả thuyết hóa là sinh ra nó. Vấn đề này còn được nhắc tới như là vấn đề nhân quả.

Hiệu ứng trội hơn nguyên nhân

Các hiệu ứng của các biến thiên này chủ yếu được coi là do các biến thiên trong cường độ chiếu xạ mặt trời lên các phần khác nhau của địa cầu. Các quan sát chỉ ra rằng thay đổi của khí hậu là mạnh hơn nhiều so với các biến đổi được tính toán. Một số các đặc trưng bên trong của hệ thống khí hậu được coi là nhạy cảm với các thay đổi của sự chiếu sáng, sinh ra sự khuếch đại các phản ứng có hiệu ứng dương và triệt tiêu các phản ứng có hiệu ứng âm.

Vấn đề không chia đỉnh

Vấn đề không chia đỉnh chỉ tới một thực tế là độ lệch tâm có các biến thiên chia tách được theo hai chu kỳ 95 và 125 kỷ. Các dữ liệu đủ lớn và chính xác về thay đổi khí hậu cần phải có khả năng tách bạch ra theo cả hai chu kỳ, nhưng cho tới nay mọi ghi chép về khí hậu chỉ ra duy nhất 1 chu kỳ đơn theo 100 kỷ. Nó là điểm gây tranh cãi là chất lượng của các dữ liệu hiện có đã đủ đảm bảo để chia tách cả hai chu kỳ hay chưa.

Vấn đề chuyển tiếp

Vấn đề chuyển tiếp chỉ tới sự thay đổi trong tần số của các biến thiên khí hậu 1 triệu năm trước. Từ 1-3 triệu năm trước, khí hậu có mô hình chủ đạo phù hợp với chu kỳ 41 kỷ của độ xiên. Sau 1 triệu năm trước, nó thay đổi thành chu kỳ 100 kỷ phù hợp với độ lệch tâm. Không có lý do nào được đưa ra cho sự thay đổi này.